Ar-Ge ve Tasarım Faaliyetlerinde 5746 ve 4691 Sayılı Kanunlar Kapsamında Ücret Stopajı ve SGK İşveren Primi Teşvikleri
(Uygulama, Hesaplama, Bordro ve Denetim Boyutuyla)
1. Yasal Çerçeve ve Kapsam
Türkiye’de Ar-Ge, yenilik ve tasarım faaliyetleri temel olarak 5746 sayılı Kanun (Ar-Ge ve Tasarım Merkezleri) ve 4691 sayılı Kanun (Teknoloji Geliştirme Bölgeleri) çerçevesinde desteklenmektedir. Bu teşviklerin temel amacı; yüksek katma değerli üretimi artırmak ve nitelikli istihdamı teşvik etmektir. Teşviklerden projelerde doğrudan görevli Ar-Ge, tasarım ve destek personeli yararlanabilmektedir.
Destek Personeli Sınırı: Teşvik kapsamındaki destek personeli sayısı, toplam Ar-Ge/tasarım personeli sayısının %10’unu aşamaz. Ancak toplam personel sayısı 15’e kadar olan Bölge firmaları için bu oran %20 olarak uygulanmaktadır.
2. Gelir Vergisi Stopaj Teşviki (Terkin Mekanizması)
5746 sayılı Kanun kapsamında teşvik, klasik bir istisna değil, muhtasar beyanname üzerinden yapılan bir "terkin" mekanizmasıdır. Terkin oranları personelin eğitim durumuna göre şu şekildedir:
• %95: Doktoralı olanlar veya temel bilimler alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar.
• %90: Yüksek lisans mezunları veya temel bilimlerde lisans mezunları.
• %80: Diğer personel için.
3. Teşvikte Kritik Sınırlar: 40 Kat ve 45 Saat
Brüt Asgari Ücretin 40 Katı Sınırı: Teşvike konu edilecek ücretin üst sınırı, ilgili ayda geçerli olan brüt asgari ücretin kırk katı ile sınırlandırılmıştır. Bu sınırı aşan ücret ödemeleri teşvik dışıdır ve genel hükümlere göre vergilendirilir.
Haftalık 45 Saat ve Fazla Mesai: Teşvikler sadece Ar-Ge ve tasarım faaliyetlerine ayrılan süreler için geçerlidir. Haftalık 45 saati aşan çalışmalar ve fazla mesai ücretleri hiçbir şekilde stopaj teşviki kapsamına girmez.
“Diğer Kazanç” Riski: Bordrolarda "Diğer Kazanç" adı altında yer alan prim, ikramiye ve benzeri ödemelerin mahiyeti açıkça belgelendirilmelidir. Bu ödemelerin Ar-Ge faaliyetiyle bağı ispatlanamazsa, haksız teşvik kullanımı ve vergi ziyaı riski doğar.
4. Uzaktan Çalışma ve Bölge Dışı Süreler (Güncel Mevzuat)
24 Aralık 2025 tarihli ve 10766 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı uyarınca, 31/12/2026 tarihine kadar uygulanmak üzere uzaktan çalışma oranları şu şekilde güncellenmiştir:
• Bilişim Personeli için: Bölge dışında geçirilen sürelerin %100’ü.
• Diğer Personel için: Bölge dışında geçirilen sürelerin %75’i.
Ayrıca, yüksek lisans yapanlar için 1,5 yıl, doktora yapanlar için 2 yıl süreyle bölge dışında geçirilen süreler teşvik kapsamındadır. Bölge dışındaki kuluçka merkezlerinde çalışan girişimciler de teşviklerden yararlanabilir; bu durumda denetim sorumluluğu yönetici şirkettedir.
5. SGK İşveren Primi Desteği
5746 sayılı Kanun kapsamında, teşvikli personelin ücretleri üzerinden hesaplanan SGK işveren hissesinin %50’si Hazine tarafından karşılanır. Bu destek 5 yıl süreyle uygulanır ve stopaj teşvikiyle eş zamanlı olarak yürütülür.
6. Denetim ve YMM Tasdik Raporu Zorunluluğu
6. Denetim, YMM Tasdik Raporu ve İbraz Edilmesi Gereken Belgeler
Ar-Ge ve tasarım teşviklerinden yararlanan işletmeler için denetim süreci sadece şekli bir kontrol değil, teşvikin hak edilip edilmediğine dair kapsamlı bir içerik denetimidir.
6.1. YMM Tasdik Raporu Zorunluluğu (2025 Sınırı)
2025 yılından itibaren, Ar-Ge indirimi tutarı 500.000 TL’yi aşan mükelleflerin bu indirimden yararlanmaya devam edebilmeleri için Yeminli Mali Müşavir (YMM) tasdik raporu ibraz etmeleri yasal bir zorunluluktur. Bu rapor, harcamaların Ar-Ge kapsamına girip girmediğini ve hesaplamaların doğruluğunu tescil eder.
6.2. YMM Denetiminde Kontrol Edilen Kritik Bilgi ve Belgeler
YMM’ler ve vergi denetmenleri tarafından yapılan incelemelerde aşağıdaki belgelerin doğruluğu esas alınır:
• Personel Listeleri ve Nitelikleri: Teşvik kapsamındaki personelin araştırmacı, yazılımcı, tasarımcı veya destek personeli olarak niteliklerine dair diploma ve görev tanımları.
• Destek Personeli Oranı: Destek personeli sayısının Ar-Ge personelinin %10’unu (15 kişiye kadar personeli olanlarda %20'yi) aşıp aşmadığı.
• Zaman Tanımları (Time Sheets): Personelin ay içindeki toplam çalışma süresinin ne kadarını projelerde, ne kadarını bölge dışında (uzaktan çalışma) geçirdiğini gösteren puantaj kayıtları.
• "Diğer Kazanç" Kalemlerinin Mahiyeti: Bordrolarda yer alan prim, ikramiye ve yan ödemelerin Ar-Ge faaliyetiyle doğrudan bağı ve fazla mesai olup olmadığının ispatı.
• 40 Kat Sınırı Kontrolü: İstisna edilecek ücretin brüt asgari ücretin 40 katını aşmadığının tespiti.
6.3. Şirketlerin Sunması ve Saklaması Gereken Bilgiler
Teşviklerden yararlanan girişimciler, yönetici şirkete , vergi idaresine ve YMM ye sunmak üzere şu belgeleri hazır bulundurmalıdır:
• Proje Kabul ve Bitirme Belgeleri: Her bir projenin yönetici şirket tarafından onaylanmış kabul belgesi ve tamamlanan projeler için alınan "Proje Bitirme Belgesi".
• Bölge Dışı Çalışma Onayları: Uzaktan çalışma teşvikinden yararlanabilmek için yönetici şirketten alınan onay yazısı ve çalışanların bu sürelerde Ar-Ge faaliyetine devam ettiğini gösteren tevsik edici belgeler.
• Ek:1 Tablosu: Muhtasar ve prim hizmet beyannamesi ekinde her personel için ayrı ayrı düzenlenen "Stopaj Teşviki Bildirim" tablosu.
• Yüksek Lisans/Doktora Belgeleri: Bölge dışında geçirilen eğitim sürelerinin teşvik kapsamında değerlendirilmesi için üniversiteden onaylı ders programları.
6.4. Bildirim Yükümlülüğü
Girişimci firmalar, projelerinin tamamlandığı tarihten itibaren veya bilgi-belge iletme sürelerine uymadıkları takdirde yönetici şirket tarafından ilgili vergi dairesine ve SGK'ya bildirilirler; bu durum sözleşmenin feshi ve teşviklerin kaybıyla sonuçlanabilir.
7. Sonuç
5746 ve 4691 sayılı kanunlar, teknoloji odaklı firmalar için ciddi mali avantajlar sunmaktadır. Ancak; fazla mesainin teşvik dışı tutulması, 40 kat sınırına dikkat edilmesi ve uzaktan çalışma oranlarının (%100 ve %75) güncel mevzuata göre hesaplanması hayati önem taşır.
Şirketlerin, teşvik süreçlerini şeffaf ve belgeli yürütmeleri; YMM denetimlerini sadece yıllık bir rapor olarak değil, her ay düzenli bir kontrol mekanizması olarak görmeleri ileride doğabilecek vergi cezalarını önleyecektir
Zuhal CEYHAN
Yeminli Mali Müşavir
